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https://repositorio.inpa.gov.br/handle/1/38823| Título: | Análise de adaptação local em Prochilodus nigricans (Agassiz, 1929) para diferentes tipos de água |
| Autor: | Silva, Rejane |
| Orientador: | Hrbek, Tomas |
| Coorientador: | Martinez, José Gregório Santos, Maria |
| Data do documento: | 11-Nov-2022 |
| Programa: | Genética, Conservação e Biologia Evolutiva - GCBEv |
| Abstract: | The Amazon region is characterized by the presence of rivers with different geological origins that give their waters different physical and chemical characteristics, such as pH, bicarbonate content and transparency. Many species are able to survive in more than one type of water; one example is Prochilodus nigricans Curimatã species. Populations that persist in heterogeneous environments suffer different selection pressures leading them to local adaptation. This study aimed to identify loci under divergent selection and population structure associated with clear water and muddy water. For this, we used a population of P. nigricans of the lower Rio Madeira as representatives of muddy water and populations of Tapajós, Xingu and Tocantins as representatives of clear water. Genomic libraries were developed from ddRAD Seq method (DNA associated with restriction sites, double digestion) and made new generation sequencing of the Ion Torrent PGM platform. Genotyping SNPs was carried out again using PyRAD program. The Structure program was used to identify biological groups, Bayescan, FST Wright and Fisher's exact test to identify loci under selection, differentiation by loci and association genotype and phenotype. The results showed that each sampled population is a biological group may be related to other factors different to selection (neutral variation), such as historical isolation between localities and migration pattern of the species. Even Bayescan not detecting loci under selection, Fisher's exact test indicated the presence of some loci associated with the type of water. We believe that the inability to detect loci under selection forcefully can be associated with a deficiency in the method of capture of wider regions in the genome of P. nigricans and adaptive responses of species may be related to phenotypic plasticity not being possible the identification of loci under selection with the methodology employed |
| Resumo: | A região amazônica é caracterizada pela presença de rios com diferentes origens geológicas que conferem a suas águas características físico-químicas distintas, tais como pH, teor de bicarbonato e transparência. Muitas espécies são capazes de sobreviver em mais de um tipo de água, um exemplo é a espécie Prochilodus nigricans (Curimatã). Populações que persistem em ambientes heterogêneos sofrem diferentes pressões de seleção levando-os à adaptação local. Esse trabalho teve por objetivo identificar loci sob seleção divergente e estrutura populacional associada a água clara e água barrenta. Para isso foi utilizado uma população de P. nigricans do baixo rio Madeira como representante de água barrenta e populações do Tapajós, Xingu e Tocantins como representantes de água clara. Foram desenvolvidas bibliotecas genômicas a partir do método ddRAD seq (DNA associado a sítios de restrição, dupla digestão) e feito sequenciamento de nova geração na plataforma Ion Torrent PGM. Foi realizado genotipagem denovo de SNPs utilizando o programa PyRAD. O programa Structure foi empregado para identificar os grupos biológicos, Bayescan, FST de Wright e Teste exato de Fisher para identificar loci sob seleção, diferenciação por loci e associação genótipo e fenótipo. Os resultados mostraram que cada população amostrada constitui um grupo biológico podendo estar relacionado a outros fatores diferentes a seleção (variação neutra), como por exemplo, isolamento histórico entre as localidades e padrão de migração da espécie. Mesmo o Bayescan não detectando loci sob seleção, o Teste exato de Fisher indicou a presença de alguns loci associados ao tipo de água. Acreditamos que a impossibilidade de detectar loci sob seleção de forma contundente pode estar associado a uma deficiência do método na captura mais abrangente destas regiões no genoma de P. nigricans e a respostas adaptativas da espécie que podem estar relacionadas a plasticidade fenotípica não sendo possível a identificação de loci sob seleção com a metodologia empregada. |
| Aparece nas coleções: | Mestrado - GCBEv |
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