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Title: Coleção nuclear para o Banco Ativo de Germoplasma regional da mandioca (Manihot esculenta Crantz) da Embrapa Amazônia Ocidental
Authors: Sousa, Sandra Barbosa de
metadata.dc.contributor.advisor: Clement, Charles Roland
metadata.dc.contributor.co-advisor: Sousa, Nelcimar R.
Keywords: Mandioca
Caracterização molecular
Genética
Issue Date: 16-Jul-2014
Publisher: Instituto Nacional de Pesquisa da Amazônia - INPA
metadata.dc.publisher.program: Genética, Conservação e Biologia Evolutiva - GCBEv
Abstract: Manioc (Manihot esculenta Crantz) is the fifth most important food produced in the world. Its center of domestication is in southwestern Amazonia. After the initial domestication, divergent selection pressures yielded two groups of varieties: sweet and bitter. The variation generated in farmers’ fields serves as a source of enrichment for germoplasm banks of the species. Efficient use requires morphologic and genetic characterization. Generally, molecular markers directly reflect genetic variation in germplasm at the DNA level, without interference from the environment, and offer valuable information to assess genetic diversity. The Embrapa manioc germplasm bank contains 470 accessions that were analyzed with 10 microsatellite loci to assess genetic diversity and structuring within the bank. Through the bayesian analysis it was possible to find four clusters of the genetic structure of the 470 accessions, and the grouping in K = 2 corresponded roughly to the bitter and sweet manioc groups. However, for geographic structuring none of the K = 2, 3, 5, 7 identified interpretable geographical groups. Data from the genotyped SSR were implemented by the Powercore software, which indicated a core collection with 56 accessions that was able to capture the maximum of allelic variation (113). The Shannon index was 1.74 in the core collection and 1.53 in the germplasm bank. The analysis of molecular variance showed that almost 100% of the genetic diversity is within the two groups CN and BAG.
metadata.dc.description.resumo: A cultura da mandioca (Manihot esculenta Crantz) é a quinta produtora de alimentos mais importante no mundo. Seu centro de domesticação está no sudoeste da Amazônia. Em mandiocas cultivadas depois da domesticação inicial, pressões seletivas divergentes deram origem a dois grupos de variedades: amargas e mansas. A variação gerada nas roças dos mandiocultores serve como fonte de enriquecimento para os bancos de germoplasma da espécie. Para que seja eficientemente utilizado necessita de caracterização morfológica e genética. Os marcadores moleculares podem refletir diretamente a variabilidade genética de germoplasma em nível de DNA, sem a interferência do meio ambiente, e tornaram-se dados valiosos para avaliar a diversidade genética. Foram utilizados 470 acessos que compõem o banco de germoplasma da Embrapa. Dez loci de microssatélites foram utilizados para avaliar a diversidade genética e verificar a estruturação dentro do banco. Através da análise bayesiana foi possível encontrar 4 agrupamentos da estruturação genética dos 470 acessos, sendo que o agrupamento em K = 2 correspondeu aproximadamente com os grupos de mandioca amarga e mansa. No entanto, para estruturação geográfica nenhum dos K = 2, 3, 5 e 7 identificaram grupos geográficos interpretáveis. Os dados dos SSR genotipados foram implementados pelo software Powercore, o qual indicou uma coleção nuclear com 56 acessos que foi capaz de capturar o máximo de variação alélica (113). O índice de Shannon foi de 1,74 na coleção nuclear e 1,53 no banco de germoplasma. A análise de variância molecular mostrou que quase 100% da diversidade genética está dentro dos dois grupos CN e BAG.
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