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Title: Revisão taxonômica de Pinirampus Bleeker, 1858 (Siluriformes: Pimelodidae) em bacias neotropicais com uso de taxonomia integrativa
Authors: Silva, Lucas da Gama
metadata.dc.contributor.advisor: Rocha, Marcelo Salles
metadata.dc.contributor.co-advisor: Batista, Jacqueline da Silva
Keywords: Diversidade genética
Delimitação de espécies
Análise morfológica
DNA barcoding
Issue Date: 19-Feb-2025
Publisher: Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia - INPA
metadata.dc.publisher.program: Biologia de Água Doce e Pesca Interior - BADPI
Abstract: Catfish of the genus Pinirampus have a wide distribution in the Neotropical region, occurring in the Amazon, Tocantins/Araguaia, Paraná, and Orinoco river basins. This study aimed to delimit and characterize possible populations of Pinirampus pirinampu through morphological and molecular (DNA barcoding) analyses. Specimens from various river basins, deposited in scientific collections, were used for the analyses. The mitochondrial gene Cytochrome Oxidase subunit I (COI) was used for molecular analysis, assessing nucleotide and haplotype diversity, genetic distance, molecular variance (AMOVA), and species delimitation using the methods: Assemble Species by Automatic Partitioning (ASAP), locMin, Bayesian Poisson Tree Process (bPTP), Generalized Mixed Yule Coalescent (GMYC), and phylogenetic relationships through Bayesian inference. Morphological data were obtained through morphometric measurements and vertebrae counts, using diaphanized specimens, dry skeletons, and X-ray imaging, followed by a linear discriminant analysis (LDA). A total of 130 nucleotide sequences of 536 bp were obtained, with no stop codons or insertion/deletion events (InDels). Fifteen haplotypes with geographic divergences were identified, particularly among the Amazon, Orinoco, Paraná, and Tocantins/Araguaia basins, with the presence of exclusive haplotypes. Genetic distance and molecular variance (AMOVA) analyses showed significant differentiation between populations (difference between groups = 98.31%; FST=0.98), suggesting strong genetic structuring, further supported by pairwise FST values. The Bayesian inference tree and dating analysis suggest that the Pinirampus araguayensis lineage diverged approximately 4.96 million years ago, while the Orinoco lineage separated around 3.08 million years ago, indicating diversification influenced by geological and ecological events. LDA and linear regression analyses suggested morphological variations, highlighting allometries in specific regions, complementing the molecular observations. Species delimitation analyses based on DNA barcoding and morphological approaches resulted in the proposal to revalidate synonymized species, such as Pinirampus araguayensis, P. barbancho, P. argentina, and the identification of a candidate species, Pinirampus sp1., from blackwater rivers draining the Guiana Shield. These findings emphasize the importance of integrated methodologies for a more accurate understanding of biodiversity, as well as for the conservation and sustainable management of genetically diverse species in Neotropical environments.
metadata.dc.description.resumo: Os bagres do gênero Pinirampus apresentam ampla distribuição da região Neotropical, ocorrendo nas bacias Amazônica, Tocantins/Araguaia, Paraná e Orinoco. Este trabalho teve como objetivo delimitar e caracterizar as possíveis populações de Pinirampus pirinampu através de análises morfológicas e moleculares (DNA barcoding). Para as análises foram utilizados exemplares pertencentes a várias bacias hidrográficas, depositados em coleções científicas. Para a análise molecular foi utilizado o gene mitocondrial Citocromo Oxidase subunidade I (COI), sendo analisadas as diversidades de nucleotídeos e de haplótipos, a distância genética, a variância molecular (AMOVA), a delimitação de possíveis espécies através dos métodos: Assemble Species by Automatic Partitioning (ASAP), locMin, Bayesian Poisson Tree Process (bPTP), Generalized Mixed Yule Coalescent (GMYC) e as relações filogenéticas por inferência Bayesiana. Para os dados morfológicos foram realizadas coletas de dados morfométricos e contagem de vértebras, por meio de exemplares diafanizados, em esqueleto seco e através da visualização de Raio-X, posteriormente submetidos a uma análise discriminante linear (LDA). Foram obtidas 130 sequências nucleotídicas com 536 pb, sem códon de parada (stop códons) e eventos de inserção ou deleção (InDels). Foram identificados 15 haplótipos com divergências geográficas, especialmente entre as bacias Amazônica, Orinoco, Paraná e Tocantins/Araguaia, com a presença de haplótipos exclusivos. Análises de distância genética e variância molecular (AMOVA) mostraram uma diferenciação significativa entre populações (diferença entre grupos = 98,31%; FST=0,98), sugerindo forte estruturação genética, e melhor observada pelos valores de FST par a par. A árvore de inferência bayesiana e a análise de datação sugerem que a linhagem Pinirampus araguayensis divergiu há cerca de 4,96 milhões de anos, enquanto a linhagem do Orinoco se separou há 3,08 milhões de anos, indicando uma diversificação influenciada por eventos geológicos e ecológicos. A LDA e as análises de regressão linear sugeriram variações morfológicas, evidenciando alometrias em determinadas áreas, complementando as observações moleculares. As análises de delimitação de espécies baseadas em DNA barcoding e abordagens morfológicas resultaram na proposta de revalidação de espécies sinonimizadas, como Pinirampus araguayensis, P. barbancho, P. argentina, e a identificação de uma espécie candidata, Pinirampus sp1 oriunda dos rios de água preta que drenam o escudo da Guiana. Esses resultados enfatizam a importância de metodologias integradas para um conhecimento mais acurado da biodiversidade e a conservação e manejo sustentável de espécies geneticamente diversas em ambientes neotropicais.
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